1．委托代理
  从中国向日本申请专利时，日本和中国一样都需要委托该国的专利代理机构。但，日本与中国不同的是，在申请之时，并不需要向特许厅提交委托书，只要在申请书中填写代理机构名称就可以。
  2．提交的文件
  所需要的文件，日本与中国几乎相同，都需要提交权利要求书、说明书（有附图的提交附图）以及摘要。其中与中国最不同的是，日本在提交申请文件时，如果有要求优先权，则在申请之时可以提交外国申请文件（其中，所谓外文只限于英语），并在提交外文申请文件后的两个月内补充日文译文。另外，该外文申请文件，日后可以作为修改的依据（比如，日文译文有错时，可以通过提交误译订正的方式提交补正）。
   3．提前审查制度
  日本发明与中国相同，都要进行实质审查，提出实质审查的期限也与中国相同，都是自申请日（有优先权日的从优先权日）起满3年内。但，在外国提出过申请的案件，在日本可以申请早期审查。通过提出早期审查，可以大幅度地加快开始审查的时间，从而尽快取得权利。
  4．实质审查程序
  实质审查与中国几乎相同，都是对专利的专利性进行实质审查。
  5．授权
  通过实质审查，认定申请的专利具有专利性时，特许厅会发出「特许查定」（授权通知书）。申请人自收到特许查定后的一个月内办理登记，缴纳该年年费，得到专利权。